Dans le pays d'Amestris, pays où l'Alchimie est élevée au rang de science universelle, deux frères, Edward et Alphonse Elric parcourent le monde à la recherche de la légendaire Pierre Philosophale. Leur père les a quittés eux et leur mère, il y a de cela des années, Trisha Elric mourut quelques années plus tard de maladie, laissant ses deux jeunes enfants derrière elle. Un an plus tard, les deux frères tentent de la faire revenir grâce à l'alchimie, ignorant la loi qui interdit formellement la transmutation humaine. Ils le payeront le prix fort, l'ainé perdant une jambe et un bras en tentant de sauver son petit frère et le cadet, son corps tout entier. Edward décide de s'engager dans l'armée à l'âge de 12 ans en tant qu'Alchimiste d'État, réussit l'examen haut la main et obtient son nom d'alchimiste, le Fullmetal. Avec les avantages d'alchimiste d'état et leurs recherches, les deux frères chercheront au risque de leur vie la pierre qui leur rendra ce qu'ils ont perdu, mais le secret de la Pierre Philosophale est bien gardé.